大家好，我是同學(xué)小張，持續(xù)學(xué)習(xí)C++進階知識和AI大模型應(yīng)用實戰(zhàn)案例，持續(xù)分享，歡迎大家點贊+關(guān)注，共同學(xué)習(xí)和進步。 上篇文章我們通過一個簡單的例子，學(xué)習(xí)了LlamaIndex的安裝和基本使用，使用 LlamaIndex 構(gòu)建了一個簡單的RAG問答系統(tǒng)。今天我們開始系統(tǒng)化學(xué)習(xí)，首先看一下LlamaIndex的Load部分。Load部分負責(zé)文件數(shù)據(jù)鏈接。 0. 文件類型加載器：SimpleDirectoryReader 上篇文章代碼的一開始，我們就使用了這個Reader： fromllama_i

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第五期。第四期，我們使用了DimPlot、FeaturePlot、DoHeatmap、DotPlot等多種函數(shù)對細胞群和基因進行了可視化。本期，我們將繪制餅圖、堆積柱狀圖、箱線圖、氣泡圖等，比較不同分組之間細胞比例差異。 1.背景 在細胞分群命名完成之后，我們可以比較不同樣本和分組之間細胞比例的差異。細胞發(fā)生癌變、腫瘤細胞轉(zhuǎn)移、藥物治療等刺激因素，都會導(dǎo)致腫瘤微環(huán)境中細

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第六期。第五期我們通過繪制餅圖、堆積柱狀圖、氣泡圖等，比較不同分組之間細胞比例差異。本期，我們將下載胃癌bulk數(shù)據(jù)（TCGA-STAD），篩選胃癌相關(guān)差異表達基因，根據(jù)差異基因list，使用AddModuleScore_UCell函數(shù)給上皮細胞亞群Seurat對象添加惡性評分，以此協(xié)助區(qū)分正常上皮和惡性上皮。 1.背景介紹 眾所周知，胃癌細胞是胃上皮細胞發(fā)生了惡性病變

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第七期。第六期我們根據(jù)TCGA數(shù)據(jù)庫中胃癌和正常胃組織之間的差異表達基因，定義了每個上皮細胞的惡性和非惡性評分。本期，我們將分析惡性上皮細胞G0-G4的Marker基因并繪制熱圖和小提琴圖，此外，我們還將使用AddModuleScore_UCell函數(shù)計算細胞的增殖和遷移評分。 建站客服QQ：88888888 1.背景介紹 細胞增殖是生物體的重要生命特征，細胞以分裂的方

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第八期。第七期我們使用AddModuleScore_UCell函數(shù)計算細胞的增殖和遷移評分。本期，我們將使用monocle2進行擬時序分析。 1.背景介紹 系列推文前七期，我們共同學(xué)習(xí)了單細胞測序的基礎(chǔ)分析，從第八期開始，我們將陸續(xù)學(xué)習(xí)擬時序分析（Pseudo-Temporal Analysis），“Copykat”分析及細胞通訊等高級分析。 疾病是一個動態(tài)變化的過程，

今天給大家分享一下如何關(guān)閉監(jiān)控的廣告開關(guān)，擺脫大數(shù)據(jù)監(jiān)控您的手機！大家有沒有感覺我們的手機好像對我們非常了解，仿佛成了最懂我們的那個人，我們每次你剛剛和別人聊完什么，然后手機呢就會給你推送什么，或者說我們剛在某個軟件上買完東西，別的軟件也會給你推送類似的產(chǎn)品，其實這就是現(xiàn)在的大數(shù)據(jù)互聯(lián)網(wǎng)，那么我們怎樣才能避免被跟蹤，怎樣才能保護我們的隱私呢？下面我們就一起來關(guān)閉監(jiān)控的開關(guān)吧！ 首先第一步，我們需要去手機的設(shè)置里面，把有關(guān)于廣告的那些開關(guān)按鈕把它關(guān)閉。我們點開設(shè)置之后呢，直接點擊上方這里的搜索框

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第十期。第九期我們用TCGA-STAD數(shù)據(jù)進行生存分析。本期，我們將回到高級分析（CopyKAT分析），通過計算CNV評估上皮細胞良惡性。 1.背景介紹 在第六期推文中，我們聯(lián)合TCGA-STAD數(shù)據(jù)給上皮添加了惡性評分，從而協(xié)助區(qū)分腫瘤細胞與非腫瘤細胞。在高級分析中，我們可以利用inferCNV和CopyKAT對單細胞進行CNV(Copy number variati

{jz:field.toptypename/} 圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第十一期。第十期我們使用通過CopyKAT分析計算CNV評估上皮細胞良惡性。本期，我們將對T細胞亞群進行細分。 1.背景介紹 德國哲學(xué)家萊布尼茨說過:“世上沒有兩片完全相同的樹葉。”物種是有其多樣性的。對于細胞來說同樣如此。從理論上講，我們可以對細胞亞群進行無限分群。在初次分群時，可以不斷調(diào)整分辨率，同樣在細胞注釋之后，我

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。今天是胃癌單細胞數(shù)據(jù)集GSE163558復(fù)現(xiàn)系列第十二期。第十一期使用singleR對T細胞亞群進行細分。本期，我們將進入胃癌復(fù)現(xiàn)的最后一章，“細胞通訊”。 1.背景介紹 腫瘤微環(huán)境中細胞類型、數(shù)量以及功能一直處于動態(tài)變化的過程，各類型的細胞組成了一個有序的統(tǒng)一體，而細胞之間頻繁的“互動”維持著統(tǒng)一體的動態(tài)平衡。這種互動不僅存在于同類型細胞之間，存在與不同類型的細胞間，甚至是單個細胞的不同時間維度上。我們把這種互動，

圖片 前言 Hello小伙伴們大家好，我是生信技能樹的小學(xué)徒”我才不吃蛋黃“。繼胃癌單細胞復(fù)現(xiàn)系列完結(jié)之后，經(jīng)過了短暫的休整，我又回來了。之前每一期的推文，我都有認真準(zhǔn)備。推文發(fā)出之后，也仔細閱讀了每一條留言。非常感謝大家的鼓勵。 接下來的一段時間里，我將再次開啟一個新的學(xué)徒分享系列，給大家系統(tǒng)整理肺腺癌單細胞測序的代碼。 文章的具體內(nèi)容，二由老師已在生信菜鳥團公眾號發(fā)布，請大家移步閱讀：單細胞測序+空間轉(zhuǎn)錄組描繪從癌前病變到浸潤性肺腺癌的動態(tài)演變。 本系列包括但不限于以下內(nèi)容：數(shù)據(jù)下載與讀取